HLA抗原は古典的にはserotypeであったため、A2のようにAのあと1個しか数字がなかった。しかし、HLA座の遺伝子解析ができるようになって、数字が一気に増えた。たとえば、DRB4*01:03:01:02Nといった具合だ。
Field 1は前述のserotypeだが、field 2は蛋白の違い（アミノ酸配列に影響を及ぼす遺伝子多型がによる）、field 3は遺伝子の違い（蛋白は同じだが、コード領域の塩基配列に違いがみられる）、そしてfield 4は非コード領域 (intron）の違い。さらに、最後にアルファベットが追加されることもある。これはexpression variantと呼ばれ、Nはnull、Lはlow、Qはquestionable。
