Class IのHLA抗原遺伝子は8つのexonから構成され、1はleaderといって最終的には切断される。2と3は抗原認識部位をコードするため、多型が集中する。4は抗原認識部位ではないが細胞外ドメイン（α3）をコードするため、抗体が認識可能な部位でエピトープになりえる。5は膜貫通ドメイン、6-8は細胞質内ドメインをコードする。
Class IIは6つのexonから構成され、exon 1と2の間にながいintronがある。exon 2-3は抗原認識部位を、4は膜貫通ドメインを、そして5-6は細胞質内ドメインをコードする。
抗原認識部位であれ非抗原認識部位であれ、抗体ができてしまうと困ったことであるが、困る程度は発現のレベルにもよる。A、B、DRB1は発現が多いのに対して、DRB3-5 (serotype DR51-53)、DQ、DP、Cwは発現が少ない。
